Προϊόντα

Πρόσφατα αναφέραμε ότι το νουκλεοτίδιο πυρενίου εισάγεται κατά προτίμηση απέναντι από μια αβασική θέση, το 3'-Τ ενός διμερούς θυμίνης, και τις περισσότερες άθικτες βάσεις από την πολυμεράση DNA ζυμομύκητα eta (pol eta).Επειδή το πυρένιο είναι ένα μη πολικό μόριο χωρίς ικανότητα δέσμευσης Η, οι ασυνήθιστα υψηλές αποδόσεις της εισαγωγής dPMP αποδίδονται στην ανώτερη ικανότητα στοίβαξης βάσεων και υπογραμμίζουν τη σημασία της στοίβαξης βάσεων στην επιλογή νουκλεοτιδίων με pol eta.Για τη διερεύνηση του ρόλου του δεσμού Η και της γεωμετρίας του ζεύγους βάσεων στην επιλογή νουκλεοτιδίων από pol eta, προσδιορίσαμε τις αποτελεσματικότητες εισαγωγής των τροποποιημένων με βάση νουκλεοτιδίων 2,6-διαμινοπουρίνη, 2-αμινοπουρίνη, 6-χλωροπουρίνη και ινοσίνη που θα δημιουργήστε διαφορετικό αριθμό δεσμών H με τη βάση του προτύπου ανάλογα με τη γεωμετρία του ζεύγους βάσεων.Το ζευγάρωμα βάσεων Watson-Crick φαίνεται να παίζει σημαντικό ρόλο στην επιλογή αναλόγων νουκλεοτιδίων για εισαγωγή αντίθετα με C και T, όπως αποδεικνύεται από τη μείωση της σχετικής αποτελεσματικότητας εισαγωγής με μείωση του αριθμού των δεσμών Watson-Crick H και αύξηση του τον αριθμό των αλληλεπιδράσεων δότη-δότη και δέκτη-δέκτη.Η επιλεκτικότητα της εισαγωγής νουκλεοτιδίου είναι μεγαλύτερη απέναντι από το 5'-Τ από το 3'-Τ του διμερούς θυμίνης, σύμφωνα με προηγούμενη εργασία που υποδηλώνει ότι το 5'-Τ συγκρατείται πιο άκαμπτα από το 3'-Τ.Επιπλέον, η εισαγωγή του Α έναντι και των δύο Ts του διμερούς φαίνεται να διαμεσολαβείται από το ζεύγος βάσεων Watson-Crick και όχι από το ζεύγος βάσεων Hoogsteen με βάση τις σχεδόν ίδιες αποτελεσματικότητες εισαγωγής του Α και του 7-deaza-A, το τελευταίο εκ των οποίων στερείται H- ικανότητα συγκόλλησης στο Ν7.Οι σχετικές αποτελεσματικότητες για την εισαγωγή νουκλεοτιδίων που μπορούν να σχηματίσουν ζεύγη βάσεων Watson-Crick είναι παράλληλες με αυτές για το θραύσμα Klenow, ενώ το θραύσμα Klenow διακρίνει πιο έντονα τις αναντιστοιχίες, σύμφωνα με τη μεγαλύτερη επιλεκτικότητα του σχήματός του.Αυτά τα αποτελέσματα υπογραμμίζουν τη σημασία του δεσμού Η και της γεωμετρίας ζευγών βάσεων Watson-Crick στην επιλογή νουκλεοτιδίων τόσο από το pol eta όσο και από το θραύσμα Klen ow, και τον μικρότερο ρόλο της επιλογής σχήματος στην εισαγωγή από το pol eta λόγω του πιο ανοιχτού και λιγότερου περιορισμένη ενεργή τοποθεσία.